/* Are the new iobase/iolimit values invalid? */
        if (conf->iolimit < conf->iobase ||
-           conf->iolimitupper < conf->iobaseupper)
+           le16_to_cpu(conf->iolimitupper) < le16_to_cpu(conf->iobaseupper))
                return mvebu_pcie_set_window(port, port->io_target, port->io_attr,
                                             &desired, &port->iowin);
 
         * is the CPU address.
         */
        desired.remap = ((conf->iobase & 0xF0) << 8) |
-                       (conf->iobaseupper << 16);
+                       (le16_to_cpu(conf->iobaseupper) << 16);
        desired.base = port->pcie->io.start + desired.remap;
        desired.size = ((0xFFF | ((conf->iolimit & 0xF0) << 8) |
-                        (conf->iolimitupper << 16)) -
+                        (le16_to_cpu(conf->iolimitupper) << 16)) -
                        desired.remap) +
                       1;
 
        struct pci_bridge_emul_conf *conf = &port->bridge.conf;
 
        /* Are the new membase/memlimit values invalid? */
-       if (conf->memlimit < conf->membase)
+       if (le16_to_cpu(conf->memlimit) < le16_to_cpu(conf->membase))
                return mvebu_pcie_set_window(port, port->mem_target, port->mem_attr,
                                             &desired, &port->memwin);
 
         * window to setup, according to the PCI-to-PCI bridge
         * specifications.
         */
-       desired.base = ((conf->membase & 0xFFF0) << 16);
-       desired.size = (((conf->memlimit & 0xFFF0) << 16) | 0xFFFFF) -
+       desired.base = ((le16_to_cpu(conf->membase) & 0xFFF0) << 16);
+       desired.size = (((le16_to_cpu(conf->memlimit) & 0xFFF0) << 16) | 0xFFFFF) -
                       desired.base + 1;
 
        return mvebu_pcie_set_window(port, port->mem_target, port->mem_attr, &desired,